Los expedientes están relacionados a personas vinculadas al crimen organizado.
La Fiscalía General de la República (FGR), presentará una queja ante el Consejo de la Judicatura Federal contra el Juez de Control de Centro de Justicia Penal Federal en el estado de Oaxaca, Álvaro Niño Cruz, al detectar en al menos cinco casos, irregularidades en su actuación que favorecieron a imputados relacionados con investigaciones del caso Nochixtlán, narcotráfico y de incumplimiento a resoluciones de amparo.
En noviembre de 2022, la FGR imputó a dos exmandos de la entonces Policía Federal que participaron en el operativo de junio de 2016 en Asunción Nochixtlán, Oaxaca, que dejó seis civiles fallecidos y 27 personas heridas por disparo de armas de fuego y a pesar de que debían permanecer en prisión preventiva, el Juez Álvaro Niño Cruz determinó que continuarían su proceso penal en libertad, fijándoles únicamente una garantía de 20 mil pesos a cada uno, contraviniendo la Constitución Federal y las reglas del procedimiento penal.
En junio de este año, el Juez Niño Cruz, nuevamente decidió no imponer alguna medida que restringiera la libertad contra el encargado del Segundo Agrupamiento de la División de Gendarmería que también participó en esos hechos, a quien se le imputó el delito de lesiones por disparo de armas de fuego, pese a la solicitud de la Fiscalía de imponer prisión preventiva, por lo que únicamente le señaló la obligación de presentarse mensualmente ante el órgano jurisdiccional durante su proceso penal.
En esa misma audiencia, dicho juzgador no vinculó a proceso a uno de los policías estatales implicados en la masacre de Asunción Nochixtlán, quién fue señalado por el homicidio de una de las personas que participaban en las protestas de la Sección 2 del Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación (SNTE), así como de una persona más, durante la continuidad del operativo de ese 19 de junio de 2016, al considerar que no había pruebas suficientes, contrario a lo señalado y probado por la Fiscalía.
A principios del mes de noviembre de 2022, elementos de la Secretaría de Marina – Armada de México, detuvieron a cuatro personas en la costa de Huatulco, quienes poseían en una embarcación cerca de 600 kilos de cocaína, solicitando la Fiscalía General de la República al Juez Álvaro Niño Cruz, sometiera a proceso penal a los implicados, sin embargo determinó dejarlos en libertad, argumentando excesos en su detención.
Finalmente, en el mes de mayo de este año, el Juez Álvaro Niño Cruz resolvió negar a la Fiscalía Federal vincular a proceso al Jefe de la Unidad de Asuntos Jurídicos del Registro Civil y Director del Registro Civil de Oaxaca, quienes fueron señalados por incumplir la resolución de un Juez de amparo de ese estado, a quienes les instruyó permitieran la inscripción de tres personas en los registros respectivos para que pudieran obtener copia certificada de sus actas de nacimiento